Το 1901, και ενώ έχει κορυφωθεί η δράση των κομιτατζήδων (όπως αποκλήθηκαν οι ποικιλώνυμοι Βούλγαροι ένοπλοι) στη Μακεδονία, ο Ελληνισμός αρχίζει να αντιδρά δυναμικά. Πρωτοπόροι της νέας εποποιίας αναδεικνύονται ο μητροπολίτης Γερμανός Καραβαγγέλης και ο οπλαρχηγός Κωνσταντίνος Κώτας.

Ο Μακεδονικός Αγώνας τοποθετείται στην περίοδο 1904 – 1908. Η χρονολογική αυτή οριοθέτηση, χωρίς να είναι λανθασμένη, δεν αποδίδει πλήρως την ιστορική αλήθεια.

Η αντίσταση του ελληνισμού της Μακεδονίας εναντίον των Τούρκων και των Βουλγάρων άρχισε δεκαετίες πιο πριν και καθοριστικός σταθμός είναι το 1901, με την ποικιλόμορφη δράση του μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανού Καραβαγγέλη. Ομως ας πάρουμε τα γεγονότα με τη σειρά τους.

Παράλληλα με την τουρκική καταπίεση, οι Ελληνες της Μακεδονίας αντιμετώπισαν – κυρίως κατά τη δεκαετία του 1870 – και την έντονη πίεση του βουλγαρικού εθνικισμού.

Πολλοί Βούλγαροι, διακηρύσσοντας φιλελεύθερες και σοσιαλίζουσες ιδέες, οργάνωσαν από το 1893 – 95 ένα αξιόλογο επαναστατικό κίνημα κατά των Τούρκων (με κύριο σύνθημα την αυτονόμηση της Μακεδονίας), το οποίο όμως γρήγορα εκφυλίστηκε σε στενά εθνικιστικό και ανθελληνικό. Οι πρώτες προσπάθειες του μακεδονικού ελληνισμού υπήρξαν αρκετά δυναμικές, μετά την ήττα όμως της Ελλάδας από την Τουρκία στον «άτυχο» πόλεμο του 1897, οι ελληνικές αντιστάσεις φάνηκαν να κάμπτονται.

Στα τελευταία χρόνια του 19ου αιώνα, η τρομοκρατία των κομιτατζήδων φάνηκε να απειλεί πιο σοβαρά με αφελληνισμό τη Μακεδονία, ενώ οι ελληνικές κυβερνήσεις έδειχναν ανίκανες να αντιδράσουν. Η αδυναμία αυτή επαληθεύτηκε το 1900 με τη διάλυση στην Ελλάδα της «Εθνικής Εταιρείας», μιας οργάνωσης που είχε ενισχύσει ως τότε τους αγωνιζόμενους Ελληνες της Μακεδονίας.

Κατά την κρίσιμη αυτή στιγμή, κι ενώ στην Ελλάδα είχαν αρχίσει να πληθαίνουν οι πιέσεις για δυναμικές αντιδράσεις, αναδείχτηκε η δυναμική προσωπικότητα του μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανού Καραβαγγέλη. Βεβαίως, συνέβαλε και η ίδρυση της εταιρείας «Ελληνισμός», υπό τον Νεοκλή Καζάζη.

Ο μητροπολίτης οργάνωσε το 1901 επιτυχημένες περιοδείες στην περιοχή του, για να εμψυχώσει το ελληνορθόδοξο πλήρωμά του και να επαναφέρει στον έλεγχο του Οικουμενικού Πατριαρχείου, όσους Ελληνες είχαν αναγκαστεί να ενταχθούν στη σχισματική βουλγαρική Εκκλησία. Παράλληλα, ανέλαβε και συγκεκριμένες εθνικές δραστηριότητες , για δυναμική αντιμετώπιση των κομιτατζήδων.

Καθοριστική προς αυτή την κατεύθυνση υπήρξε η προσέγγιση του σλαβόφωνου οπλαρχηγού Κωνσταντίνου Κώτα από τη Ρούλια, ο οποίος είχε συνεργασθεί με τους Βουλγάρους, εναντίον των Τούρκων, και τώρα βρισκόταν σε ρήξη με αυτούς.

Σε σχετικές συζητήσεις, ο Κώτας πείσθηκε από τον Ελληνα ιεράρχη να αγωνισθεί για τα δίκαια του ελληνισμού, δίνοντας σκληρό διμέτωπο αγώνα εναντίον των Τούρκων αλλά και των Βουλγάρων. Η εξέλιξη αυτή οριοθέτησε την πρώιμη αυγή του Μακεδονικού Αγώνα.

Σημειώνεται ότι ο Κώτας συνελήφθη από τους Τούρκους το 1904 και τον επόμενο χρόνο θανατώθηκε δι’ απαγχονισμού.